Het epische verhaal van The Legend of Zelda: The Wind Waker wordt vervolgd met een nieuw avontuur van Link, waarin de held verdwaald en in zijn eentje over onbekende wateren navigeert. Dankzij de intuïtieve touchscreen-besturing en innovatieve puzzels biedt The Legend of Zelda: Phantom Hourglass nieuwe uitdagingen voor fans van de serie. De game is ook erg toegankelijk voor spelers die The Legend of Zelda nog niet kennen. Maar de tijd dringt, en alleen het Phantom Hourglass kan Link de minuten bezorgen die hij nodig heeft om te overleven.
Vele maanden zijn voorbijgegaan sinds de gebeurtenissen in The Legend of Zelda: The Wind Waker, en Link, Tetra en Tetra's piratenbende zijn gaan zeilen op zoek naar nieuwe landen. Als ze in een dichte mist terechtkomen, ontdekken ze een verlaten schip. Tetra raakt in de problemen wanneer ze het schip in haar eentje verkent, en Link valt in de oceaan bij zijn pogingen om haar te redden. Nadat hij bewusteloos is aangespoeld op de kust van een mysterieus eiland, wordt hij gewekt door de stem van een fee. Met de hulp van deze fee gaat hij op pad om Tetra te zoeken.
Hijs de zeilen en ga op avontuur in The Legend of Zelda: Phantom Hourglass!
