Het verhaal speelt zich af op Mars. Het begint waar UFO: Aftermath was gestopt en loopt gelijktijdig met UFO: Aftershock. Terwijl de Laputans op aarde vechten tegen Wargots en Starghosts en erachter komen wat de vernietiging van hun thuisplaneet veroorzaakte, probeert een kleine kolonie op Mars te overleven en te bloeien.
De speler krijgt meer details over de activiteiten van intergalactische organismen, Myrmecols genaamd, in het zonnestelsel. Het wetenschappelijk onderzoek en de communicatie met verschillende facties op aarde geven hem een ander perspectief op de gebeurtenissen van de twee voorgaande sequels. In UFO: Afterlight zullen de spelers gloednieuwe technologieën, een ongewone omgeving en zowel oude als onbekende vijanden ontmoeten.
