Peter Parker woont een demonstratie bij van de nieuwe uitvinding van de hervormde Dr. Otto Octavius wanneer een bedrieger Spider-Man het apparaat steelt. Spider-Man moet werken om zijn naam te zuiveren en de sinistere motieven achter de diefstal van het apparaat aan het licht te brengen. Deze game bevat niet alleen optredens van de meeste grote Spider-Man-personages, maar ook cameo's van tal van andere personages uit het Marvel-universum, zoals de Human Torch, Punisher, Daredevil en Captain America. De webben van Spider-Man worden sterk benadrukt. Hij kan ze zowel gebruiken voor navigatiedoeleinden, zoals slingeren of tokkelen, als voor aanvallende en verdedigende gevechten, zoals het vastbinden van een slechterik, zijn vuisten bedekken met web voor extra pit, of het bouwen van een beschermend schild. Zijn webaanbod is echter beperkt en hij moet nieuwe cartridges vinden, anders loopt hij het risico dat hij opraakt. De muurkruipende krachten zijn ook prominente kenmerken. Spider-Man kan zich aan elke muur of plafond vastklampen. Dit wordt gebruikt voor elementaire omgevingsnavigatie en voor stealth, aangezien er veel reeksen zijn waarin je over de hoofden van nietsvermoedende misdadigers kruipt, of naar beneden valt en ze overrompelt.
