In PUZZLE BOBBLE UNIVERSE komen de broers Bub en Bob voor nieuwe problemen te staan wanneer ze op een onbemand ruimteschip stuiten en een hulpkreet horen uit verre oorden. Wat het dinosaurusduo niet weet, is dat op de omliggende planeten mysterieuze deuren zijn opengegaan waaruit ontelbare bubbels zijn gekomen die gevaarlijke obstakels vormen in de ruimte. Wanneer Bob tot overmaat van ramp ook nog eens wordt ontvoerd moet Bub alles op alles zetten om de planeten en haar inwoners in veiligheid te brengen.
