Drakengard 3, een prequel op de originele Drakengard, brengt spelers naar een middeleeuwse wereld waar zes zussen speciale magische vaardigheden gebruiken als de 'Intoners'.
Deze zusters hebben vrede op aarde gebracht met hun magische krachten en liederen. Harmony wordt echter verstoord wanneer de oudste zus, Zero, haar jongere zusjes probeert te vermoorden met de hulp van haar drakengenoot Mikhail.
Naarmate het verhaal vordert, bevinden spelers zich in een strijd om het mysterie van Zero te ontrafelen en haar ware aard te ontdekken.
